Paket Semester I
- Studi Al-Qur`an: Teori dan Metode
- Studi Hadis: Teori dan Metode
- Ushul at-Tafsir wa Qawa`iduhu
- Sejarah Perkembangan Pemikiran Tafsir
- Filsafat Sains
Paket Semester II
- Metodologi Penelitian
- Al-Balagah Al- Qur`aniyah
- Ulum At-Tajwid wal Qiraat
- Studi Pemikiran dan Perkembangan Tafsir di Nusantara
- Manahij wa Madzahib Al-Mufassirin
Paket Semester III
- Studi Tafsir Tematik
- Metode Tafsir Ayat Ahkam
- Al-Qur`an, Sains, Isu-Isu Kontemporer dan Keindonesiaan
- Al-Qur`an dan Orientalis
- Seminar Proposal Tesis
Paket Semester VI
- Seminar Hasil Tesis
- Tesis