Paket Semester I
- Studi Al-Qur`an: Teori dan Metode Pemahaman terhadap Al-Qur’an
- Studi Hadis: Teori dan Metode Pemahaman terhadap Hadis
- Ushul at-Tafsir wa Qawa`iduhu
- Sejarah Perkembangan Pemikiran Tafsir
- Filsafat Ilmu: Filsafat Ilmu Keislaman Berlandaskan Wahdatul Ulum
Paket Semester II
- Metodologi Penelitian Tafsir
- Al-Balagah Al- Qur`aniyah
- Ulum At-Tajwid wal Qiraat
- Studi Pemikiran dan Perkembangan Tafsir di Nusantara
- Manahij wa Madzahib Al-Mufassirin
Paket Semester III
- Studi Tafsir Tematik
- Metode Tafsir Ayat Ahkam
- Alquran, Isu-Isu Aktual Kontemporer dan Keindonesiaan
- Alquran dan Orientalis
- Seminar Proposal Tesis
Paket Semester VI
- Tesis